A 17 de Maio de 1581, D. Filipe I (II de Espanha) é aclamado rei de Portugal, iniciando assim a terceira dinastia real de Portugal, a Dinastia Filipina.

Após o desaparecimento de D. Sebastião em Alcácer Quibir, o trono português é ocupado pelo Cardeal D. Henrique, que também não deixa descendência devido aos votos seus religiosos. Assim Filipe II de Espanha, neto de D. Manuel I de Portugal, torna-se simultaneamente rei de Espanha e de Portugal, dando início à União da Coroa Ibérica.

Contudo, D. Filipe I sentiu necessidade de legitimar a sua subida ao trono português e foi no seu plano de propaganda política que projetou a reconstrução do Mosteiro de São Vicente de Fora, que ainda hoje se destaca na paisagem da cidade de Lisboa. Demolido o antigo mosteiro de D. Afonso Henriques, o novo mosteiro passou a ser a imagem de marca de D. Filipe I em Portugal.

Apesar de ter contribuído pessoalmente para a conceção do mosteiro e igreja, não chegou a ver o seu grande projeto efetivamente construído.